I tillegg til akkrediteringar og evaluering av kvalitetssikringssystema i høgre utdanningsinstitusjonar, kan NOKUT etter lova ta initiativet til andre typar evaluering for å bedømme kvaliteten på utvalde område. Departementet kan også pålegge NOKUT å gjennomføre slike evalueringar, og frå 2004 har NOKUT fått i oppdrag å gjennomføre i alt tre programevalueringar.